Aux alentours du 11 février 624, le prophète Mahomet rompt avec les tribus juives de Médine en choisissant de prier non plus vers Jérusalem mais vers La Mecque. Cette rupture va déboucher sur un combat à mort (note).
Sensible à la théologie juive, le Prophète s'en inspire au commencement dans ses recommandations sur le jeûne et les interdits alimentaires relatifs au porc. Il adopte le calendrier lunaire des juifs, avec des mois réglés sur les cycles de la Lune.
Il fixe le jeûne pendant le mois de Ramadan, qui coïncide avec le début de la révélation coranique mais aussi avec la fête juive de l'expiation. Et il prescrit à ses fidèles de se tourner vers Jérusalem pour la prière.
Il n'empêche que seule la tribu des Aws s'est ralliée à Mahomet (il est d'ailleurs possible qu'ils aient été arabes et non juifs). Les trois autres communautés juives de Médine persistent dans leur refus de se convertir à la nouvelle foi. Ces juifs reprochent en particulier à Mahomet de détourner (note) le sens des textes bibliques et osent même se moquer de lui.
En février 624, une révélation divine enjoint à Mahomet et à ses disciples de modifier la prière rituelle : elle se fera désormais en se tournant non plus vers Jérusalem mais vers la pierre noire de la Kaaba, le sanctuaire des idolâtres de La Mecque.
Au printemps 624, à l'approche d'une caravane particulièrement riche en provenance de Syrie, Mahomet décide de l'attaquer. Mais ses plans sont déjoués par un espion.
Les Mecquois du clan des riches Koraishites dépêchent une armée au secours de leur caravane. C'est la bataille du puits de Badr, qui voit la victoire des musulmans malgré leur infériorité numérique. À son retour triomphal de la bataille de Badr, Mahomet ordonne l'exécution de deux prisonniers mecquois qui s'étaient montrés particulièrement virulents à l'égard du Prophète et de ses disciples.
Mahomet remarque par ailleurs que les juifs de Médine se sont tenus à l'écart de la bataille. Son dépit à leur égard n'en devient que plus grand. C'est ainsi que de nouvelles révélations divines l'amènent à remodeler le calendrier. Elles précisent en particulier que le jeûne musulman se pratiquera pendant le mois de ramadan, celui durant lequel se déroula la bataille de Badr. Les interdits alimentaires exprimés dans les révélations faites au Prophète restent quand à eux assez semblables à ceux des juifs.
Le fossé se creuse entre les juifs de Médine et la communauté des croyants. Trahisons, violences et médisances alimentent la zizanie, malgré le code de bonne conduite établi lors de l'arrivée de Mahomet.
Peu après la bataille de Badr, un incident met le feu aux poudres. Une ou plusieurs musulmanes sont molestées au marché par des juifs de la tribu des Banu-Kainuka. Échauffourée, meurtres de part et d'autre. Le chef de la tribu mise en cause refuse de payer l'amende réglementaire aux parents des victimes musulmanes. La tribu est assiégée par le Prophète et ses disciples et, au bout de deux semaines, contrainte de leur livrer ses immenses biens et d'émigrer.
Un peu plus tard, le 21 mars 625, lors de la fameuse bataille d'Ohod entre Mecquois et Médinois, la deuxième tribu juive, celle des Banu-Nadhir, se voit reprocher de soutenir les habitants de La Mecque. Elle est chassée vers le nord après un long siège et une violente bataille contre les musulmans.
Tandis que les musulmans poursuivent la guerre contre les Koraishites de La Mecque, Mahomet s'irrite de plus en plus du manque de soutien des juifs de Médine à son égard. La crise arrive à son terme en 627, après la bataille du fossé qui met une dernière fois aux prises Mecquois et musulmans de Médine.
Mahomet décide d'en finir avec les juifs de la troisième et dernière tribu de Médine, les Banu-Kuraiza, qu'il accuse (ce qui est vrai) d'avoir soutenu les assaillants. Au terme d'un siège de 25 jours, les juifs sont contraints de se rendre. Mahomet confie à l'un de ses compagnons, un membre de la tribu des Aws, le soin de les juger. Ce dernier recommande de mettre à mort les hommes selon l'ancienne loi hébraïque ! Dont acte. Les musulmans décapitent 600 à 700 hommes et les ensevelissent dans une grande fosse de la place du marché de Médine. Ils se partagent les biens de la tribu, ainsi que les femmes et les enfants.
